Backofen auf 180°C Umluft aufheizen. Blumenkohl in Röschen teilen. Stiele der Brokkolinis in Stücke schneiden. Wasser ins inem großen Topf zum Kochen bringen, salzen und Blumenkohlröschen und Brokkolini-Stiele für etwa 3 Minuten garen. Etwas vom Wasser auffangen und Gemüse abgießen.
Auflaufform mit Butter einfetten und Gemüse hineingeben. Leicht salzen und pfeffern.
Butter in einem Topf erhitzen und schmelzen. Mehl hinzugeben und sofort mit einem Schneebesen verrühren. Nach und nach Milch, Sahne und das Kochwasser hinzugeben. Dabei immer schön rühren, bis eine cremige Béchamel-Soße entsteht. Mit Salz, Pfeffer und Muskat abschmecken und zuletzt Parmesan unterheben.
Soße über das Gemüse geben und geriebenen Emmentaler darüber streuen. Kürbis-Blumenkohl-Brokkolini-Auflauf für etwa 25 Minuten im Ofen backen.